ひときわ高い後円部の中央には、長大な竪穴式石室が設けられ、森将軍塚古墳の主が埋葬されていました。 この竪穴式石室は、「墓壙」と呼ばれる二重の石垣で囲まれた長さ15.0ｍ、幅 9.3ｍ、深さ 2.8ｍの大きな穴の中に築かれ、石室内には、遺体を入れる木棺が納められていました。墳頂から石室の底までは、約 3.5ｍもあり、手厚く埋葬された様子がうかがわれます。   　古墳の埋葬施設には、竪穴式石室・粘土槨・横穴式石室などがあります。竪穴式石室は棺を納めた後、さらに側壁を積み上げ、大きな石などで蓋をして埋め戻す棺の保護施設です。古墳時代初めのころから、５世紀代まで用いられています。 森将軍塚古墳の竪穴式石室は、長さ 7.6ｍ、幅 2ｍ、高さ 2.3ｍの長大なもので、日本最大級の規模です。床面の幅が特に広いのが特徴です。